Amplicones

Ir a: navegación, búsqueda de
Amplicones

Un amplicones es un pedazo de DNA o RNA es la fuente o el producto de eventos naturales o artificiales de amplificación o replicación. Puede ser formado usando varios métodos incluyendo reacciones en cadena de polimerasa (PCR), reacciones en cadena de ligasa (LCR), o natural duplicación del gene. En este contexto "amplificación de"se refiere a la producción de una o más copias de un fragmento genético o secuencia de destino, específicamente el amplicon. Como el producto de una reacción de amplificación, amplicón se utiliza indistintamente con términos comunes de laboratorio, como el producto de PCR.

La amplificación artificial se utiliza en investigación,[1] medicina forense,[2] y medicina[1] para fines que incluyen la detección y cuantificación de agentes infecciosos,[3] identificación de restos humanos,[4] y la extracción de genotipos de del pelo humano.[2]

Natural duplicación del gene está implicado en varias formas de cáncer humano, incluyendo linfoma mediastínico primario de la célula de B y Linfoma de Hodgkin.[5] Amplicones en este contexto pueden referirse tanto a las secciones de cromosómicas ADN que han sido suprimidos, amplificado y recolocados en otros lugares en el genomay extrachromasomal ADN conocidas como minutos dobles, cada uno de los cuales puede estar compuesto de uno o más genes. Amplificación de los genes codificados por estos amplicones generalmente aumenta transcripción de esos genes y, en definitiva, el volumen de asociados proteínas.[6]

Contenido

  • 1 Estructura de amplicones
  • 2 Tecnología
  • 3 Aplicaciones
  • 4 Véase también
  • 5 Referencias
  • 6 Lectura adicional
  • 7 Enlaces externos

Estructura de amplicones

Amplicones en general son repetición directa (cabeza a cola) o repetición invertida secuencias genéticas (cara a cara o cola a cola) y puede ser lineal o circular en la estructura.[7] Amplicones circulares consisten en duplicaciones invertidas imperfectas recocido en un círculo[8] y se piensa para presentarse de amplicones lineal precursor.[9]

Durante la amplificación artificial, longitud del amplicón es dictada por los objetivos experimentales.[10]

Tecnología

Análisis de amplicones ha sido posible por el desarrollo de métodos de amplificación tales como POLIMERIZACIÓN EN CADENAy cada vez más barato y más alto rendimiento tecnologías para la Secuencia de la DNA o secuenciación de próxima generación, tales como Secuenciación de semiconductor de ion, popularmente conocido como la marca del revelador, Ion Torrent.[11]

Tecnologías de secuenciación de ADN como secuenciación de próxima generación han hecho posible para el estudio de amplicons en Biología del genoma y genética, incluyendo genética del cáncer investigación,[12] filogenéticos investigación, y genética humana.[13]

Independientemente del enfoque utilizado para amplificar los amplicones, debe utilizarse alguna técnica para cuantificar el producto amplificado.[14] Por lo general, estas técnicas incorporan un paso de la captura y a un paso de detección, aunque cómo se incorporan estos pasos depende de la persona ensayo.

Los ejemplos incluyen el (Amplicor HIV-1 Monitor ensayoRT-PCR), que tiene la capacidad de reconocer VIH en plasma; el (VIH-1 QTNASBA), que se utiliza para medir plasma carga viral por amplificación de un segmento de ARN de VIH; y la transcripción mediada por amplificación, que emplea a un ensayo de protección de la hibridación para distinguir Chlamydia trachomatis infecciones.[14] Varios pasos de detección y captura están implicados en cada enfoque para evaluar el producto de la amplificación, o amplicones.

Aplicaciones

PCR puede utilizarse para determinar el sexo de una muestra de ADN humana.[15] El lugares geométricos de Elemento Alu inserción es seleccionado, amplificado y evaluado en términos de tamaño del fragmento. El ensayo de sexo utiliza AluSTXa para la Cromosoma x, AluSTYa para la Cromosoma de y, o AluSTXa y AluSTYa, para reducir la posibilidad de error a una cantidad insignificante. El cromosoma insertado rinde un gran fragmento de cuando el región homóloga se amplifica. Los machos se distinguen por tener dos amplicones de ADN presentes, mientras que las hembras tienen solamente un solo amplicon. El kit adaptado para llevar a cabo el método incluye un par de cebadores para amplificar el locus y opcionalmente reactivos de la reacción en cadena de polimerasa.[16]

LCR se puede utilizar para diagnosticar tuberculosis.[17] La secuencia que contiene la proteína antígeno B está dirigido por cuatro oligonucleótidos cartillas de— dos para la cadena con sentidoy dos para el hebra antisentido. Los cebadores se unen adyacentes uno al otro, formando un segmento de la DNA trenzada doble que una vez separados, puede servir como un objetivo para futuras rondas de replicación. En este caso, el producto puede ser detectado a través de la inmunoensayo enzimático de micropartículas (MEIA).

Véase también

  • Biología molecular
  • DNA
  • Duplicación del gene
  • Cartilla (biología molecular)
  • Reacción en cadena de polimerasa
  • Polimerasa de la DNA
  • Secuencia de la DNA
  • Fusión de alta resolución
  • Análisis de la curva de fusión
  • NASBA (biología molecular)

Referencias

  1. ^ a b Meyers, Robert A., ed. (1995). Biología molecular y biotecnología: una referencia de escritorio completa. Nueva York, NY: Editores VCH. págs. 53, 585. ISBN1-56081-925-1.
  2. ^ a b Walsh, PS; Metzger, DA; Higuchi, R (1991). "Chelex 100 como un medio para la simple extracción de la DNA para la polimerización en cadena-basado cepas de material forense". BioTechniques 10 (4): 506 – 13. PMID1867860.
  3. ^ Rama de Asuntos del consumidor (2010-08-17). "Roche Amplicor HIV-1 Monitor Test". POR LA FDA. 2012-10-16.
  4. ^ Gill, Peter; Ivanov, L. Pavel; Kimpton, Colin; Piercy, Romelle; Benson, Nicola; Tully, Gillian; Evett, Ian; Hagelberg, Erika; Sullivan, Kevin (1994). "Identificación de los restos de la familia Romanov por análisis de ADN". Nature Genetics 6 (2): 130-5. doi:10.1038/ng0294-130. PMID8162066.
  5. ^ Rui, Lixin; Tolga Emre, Carolina del norte; Kruhlak, Michael J.; Chung, Hye-Jung; Steidl, cristiano; Holgura, Graham; Wright, George W.; Lenz, Georg et al (2010). "Modulación epigenética cooperativa por Genes del amplicón de cáncer". Célula de cáncer 18 (6): 590-605. doi:10.1016/j.CCR.2010.11.013. PMC3049192. PMID21156283.
  6. ^ Bignell, g. R.; Santarius, T.; Polo, J. C.M.; Mayordomo, A. P.; Perry, J.; Pleasance, E.; Villaverde, C.; Menzies, A. et al (2007). "Arquitecturas del reordenamiento genómico somática de amplicones de cáncer humano en el nivel de la secuencia de resolución". Investigación del genoma 17 (9): 1296 – 303. doi:10.1101/gr.6522707. PMC1950898. PMID17675364.
  7. ^ Cohn, Waldo E.; Moldave, Kivie, Ed. (1996). Avances en la investigación de ácidos nucleicos y Biología Molecular. Academic Press. págs. 280-287. ISBN978-0-12-540054-1.
  8. ^ Grodin, K; Roy, G; Ouellette, M (1996). "Formación de amplicones circular extracromosómico con directa o invertida duplicaciones en resistentes a los medicamentos Leishmania tarentolae.. Mol.Cell.Biol. 16 (7): 3587-3595. PMC231354. PMID8668175.
  9. ^ Grodin, K; Küding, C; Roy, G; Ouellette, M (1998). «Lineal amplicones como precursores de los círculos amplificados en resistente a metotrexato Leishmania tarentolae.». Ácidos nucleic Res. 26 (14): 3372-3378. doi:10.1093/Nar/26.14.3372. PMC147699. PMID9649621.
  10. ^ Directrices de diseño de la cartilla PCR. Premier Biosoft: Acelerar la investigación en Ciencias de la vida. Obtenido de: http://www.premierbiosoft.com/tech_notes/PCR_Primer_Design.html
  11. ^ Página Web oficial de ion Torrent
  12. ^ International Cancer genoma consorcio Web site oficial
  13. ^ National Human genoma Research Institute
  14. ^ a b Stanley, J. (2002). Fundamentos de Inmunología y serología por Jacqueline Stanley. Albany, NY: Delmar.
  15. ^ Mannucci, Armando; Sullivan, Kevin M.; Ivanov, L. Pavel; Gill, Peter (1994). "Prueba de aplicación forense de un sexo rápido y cuantitativo del ADN por amplificación de la amelogenina del gen homólogo de X-Y". Revista Internacional de Medicina Legal 106 (4): 190 – 3. doi:10.1007/BF01371335. PMID8038111.
  16. ^ Setos, Dale J; Walker, Jerilyn A; Callinan, Pauline A; Shewale, Jaiprakash G; Sinha, Sudhir K; Batzer, marca (2003). "Móvil basado en el elemento de ensayo para la determinación del género humano". Bioquímica analítica 312 (1): 77-9. doi:10.1016/S0003-2697 (02) 00430-X. PMID12479838.
  17. ^ O ' Connor, T m. (01 de noviembre de 2000). "La reacción en cadena como una herramienta de detección primaria para la detección de tuberculosis positiva de la cultura". Tórax 55 (11): 955-957. doi:10.1136/Thorax.55.11.955. PMC1745641. PMID11050266.

Lectura adicional

  • Leckie, W. Gregor; Lee, Helen H. (1995). "Enfermedades infecciosas pruebas por reacción en cadena". En Meyers, Robert A. Biología molecular y biotecnología: una referencia de escritorio completa. Nueva York: Wiley. págs. 463 – 6. ISBN978-0-471-18634-2.

Enlaces externos

¿Qué es un amplicon? Ver ejemplos de las diferentes aplicaciones.. Video de YouTube.

Otras Páginas

Obtenido de»https://en.copro.org/w/index.php?title=amplicon&oldid=662173357"