SuperSAGE

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SuperSAGE es el más avanzado derivado de la serie análisis de la expresión génica tecnología (SAGE) para el análisis de genes expresados en los organismos eucariotas (Perfil de expresión génica). En SAGE, una específica etiqueta de cada uno transcripción gen se recupera. Por secuencia y contando tantas etiquetas como sea posible, el perfil de transcripción, indicando qué gen es transcrito y frecuencia, llega a ser evidente. SuperSAGE utiliza el tipo III-endonucleasa EcoP15I de fago P1, para cortar etiquetas de larga secuencia bp 26 de cada transcripción cDNA, ampliando el tamaño de etiqueta por al menos 6 bp en comparación con las técnicas del precursor SAGE y LongSAGE.[1] El tamaño de etiqueta más largo permite una asignación más precisa de la etiqueta en la transcripción correspondiente, porque cada base adicional aumenta considerablemente la precisión de la anotación.

Como en el original SABIO Protocolo, llamados ditags se forman, utilizando Punta Roma etiquetas. Sin embargo, SuperSAGE evita el sesgo observado durante el menos aleatorio LongSAGE 20 bp ditag-ligadura.

Por la secuencia directa con técnicas de secuenciación de alto rendimiento moderno (secuenciación de próxima generación, es decir, Pirosecuenciación), cientos de miles o millones de etiquetas pueden ser analizados simultáneamente, produciendo muy precisa y cuantitativa perfiles de expresión génica. Por lo tanto, perfil de expresión génica basado en etiquetas también llama "perfiles de expresión génica digital" (DGE) hoy en día puede proporcionar perfiles de transcripción más exactos que superaran las limitaciones de microarrays.[2]

Las 26 etiquetas bp tienen un número de ventajas sobre las etiquetas más pequeñas:

  • En particular debido a la anotación exacta del SuperSAGE etiquetas (por lo menos 10.000 veces más exactas que etiquetas LongSAGE), se puede distinguir un número sustancialmente mayor de las transcripciones.
  • Muchos diferentes isoformas de la transcripción (en representación de Alternativamente empalmados pueden encontrar las transcripciones).
  • Transcripciones de novela (es decir, RNA no codificante) puede ser descubierto, que escapan a la detección de microarrays.
  • Sentido y transcritos antisentidos y su regulación puede ser detectada.
  • Debido a la anotación exacta de las 26 etiquetas de bp, pueden analizarse simultáneamente dos o más organismos interactúan (parásito huésped, patógeno del host).[1]
  • Las etiquetas de bp 26 pueden ser vistas directamente en microarrays, y transcripciones de candidato ser combinados para producir concentrado microarrays (es decir, cargado sólo con los genes, que son relevantes para un proceso específico de microarrays).[3]
  • La etiqueta de bp 26 permite el diseño de los primers altamente específicos para aguas abajo POLIMERIZACIÓN EN CADENA (como para 3' o 5'-CARRERA) o de sondas específicas para la identificación de clones de una Biblioteca del cDNA.

Perfiles de expresión génica muy precisas y completas de cualquier organismo eucariota pueden por tanto establecerse, que en muchos aspectos son superiores a los microarrays. Cada transcripción puede cuantificarse por contar las etiquetas en una biblioteca SuperSAGE tal que sea fácilmente posible con SuperSAGE genética cuantitativa.

Referencias

  1. ^ a b Matsumura, H.; Reich, S.; Ito, A.; Saitoh, H.; Kamoun, S.; Invierno, P.; Kahl, G.; Reuter, M.; Krüger, D.; Terauchi, R. (2003). "Análisis de expresión génica de las interacciones huésped-patógeno de planta por SuperSAGE". Actas de la Academia Nacional de Ciencias 100 (26): 15718-15723. Bibcode:2003PNAS... 10015718M. doi:10.1073/pnas.2536670100. PMC307634. PMID14676315.editar
  2. ^ Shendure, J. (2008). "El principio del fin para microarrays?". Métodos de naturaleza 5 (7): 585 – 7. doi:10.1038/nmeth0708-585. PMID18587314. editar
  3. ^ Matsumura, H.; Bin Nasir, K. H.; Yoshida, K.; Ito, A.; Kahl, G. N.; Krüger, H. D.; Terauchi, R. (2006). «SuperSAGE matriz: el uso directo de transcripción base-pares 26 etiquetas en arrays de oligonucleótidos ". Métodos de naturaleza 3 (6): 469-74. doi:10.1038/nmeth882. PMID16721381.editar

Lectura adicional

  • Sharbel, T. F.; Voigt, M. L.; Corral, J. M.; Galla, G.; Kumlehn, J.; Klukas, C.; Schreiber, f el.; Vogel, H.; Rotter, B. (2010). "Apomícticos y sexuales óvulos de Boechera muestran patrones de expresión génica Global heterocrónicas." La célula de la planta en línea 22 (3): 655. doi:10.1105/TPC.109.072223. editar
  • Gilardoni, p. A.; Schuck, S.; Jüngling, R.; Rotter, B.; Baldwin, T. I.; Buenaventura, G. (2010). "Análisis superSAGE de la Nicotiana attenuata transcriptoma después de la obtención de ácido amino ácidos grasos (FAC): identificación de los primeros mediadores de respuestas insectos". Biología de BMC plantas 10:: 66. doi:10.1186/1471-2229-10-66. PMC3095340. PMID20398280.editar
  • Raftery, M. J.; Möncke-Buchner, E.; Matsumura, H.; Giese, T.; Winkelmann, A.; Reuter, M.; Terauchi, R.; Schönrich, G.; Krüger, H. D. (2009). "Desentrañar la interacción del citomegalovirus humano con células dendríticas utilizando SuperSAGE". Diario de la Virología General 90 (Pt 9): 2221-2233. doi:10.1099/vir.0.010538-0. PMID19439557. editar
  • Gowda, M.; Jantasuriyarat, C.; Dean, r.; Wang, G. (2004). "Robusto LongSAGE (RL-SAGE): un método LongSAGE mejorado substancialmente para el descubrimiento de genes y análisis del transcriptoma". Fisiología de planta 134 (3): 890 – 7. doi:10.1104/PP.103.034496. PMC389912. PMID15020752. editar

Enlaces externos

  • https://www.genxpro.info/science_and_technologies/Supersage/Workflow/

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