Análisis de la cuna
C0Análisis de t, una técnica basada en los principios de Cinética de reasociación de DNA, es una técnica bioquímica que mide cuánto ADN repetitivo es una muestra de ADN como un genoma.[1] Se utiliza para estudiar genoma estructura y organización y también se ha utilizado para simplificar la secuenciación de genomas que contienen grandes cantidades de secuencia repetitiva.[2]
Contenido
- 1 Procedimiento
- 2 Análisis
- 3 Aplicación a la secuenciación del genoma
- 4 Historia
- 5 Referencias
- 6 Enlaces externos
Procedimiento
El procedimiento consiste en calentar una muestra de la DNA genomic hasta que desnaturaliza en el formulario trenzado único y luego enfriándolo lentamente, por lo que las hebras pueden par juntándolos. Mientras se está enfriando la muestra, se toman mediciones de la cantidad de ADN es base emparejado a cada temperatura.
La cantidad de ADN bicatenario y solo se mide por diluir rápidamente la muestra, que se ralentiza la reasociación, y luego atar la DNA a una hidroxiapatita columna. Primero se lava la columna con una baja concentración de fosfato de sodio tampón, que elutes el ADN monocatenario, y luego con altas concentraciones de fosfato, que elutes la DNA trenzada doble. La cantidad de ADN en estas dos soluciones se mide mediante un Espectrofotómetro de.
Análisis
Puesto que una secuencia de ADN necesita encontrar su complementarias filamento para reformar una doble hélice, renature de secuencias comunes más rápidamente que las secuencias raras. De hecho, es la tasa a la cual una secuencia se reassociate proporcional el número de copias de la secuencia en la muestra de ADN. Una muestra con una secuencia altamente repetitiva va renature rápidamente, mientras que secuencias complejas renature lentamente.
Sin embargo, en vez de simplemente medir el porcentaje de ADN de doble hebra versus tiempo, la cantidad de renaturalización se mide respecto a C0valor de t. El C0valor de t es el producto de C0 (la concentración inicial de ADN), t (tiempo en segundos) y una constante que depende de la concentración de cationes en el buffer. ADN repetitivo será renature a bajo C0valores de t, mientras que secuencias de ADN complejas y únicas renature en el alto C0valores de t. La rápida renaturalización del ADN repetitivo es debido a la disponibilidad de numerosas secuencias de conexión.
Aplicación a la secuenciación del genoma
C0t filtración es una técnica que utiliza los principios de la cinética de la renaturalización de DNA para separar el ADN repetitivo secuencias de que dominan muchos eucariotas genomas de secuencias de baja/solo-copia "gene-rico".[2] Esto permite la secuenciación de ADN para concentrarse en las partes del genoma que son más informativas e interesante, que acelerará el descubrimiento de nuevos genes y hacer más eficiente el proceso.[3][4]
Historia
Primero fue desarrollado y utilizado por Roy Britten y sus colegas en la Institución de Carnegie de Washington en la década de 1960.[5][6] De nota particular, fue a través de C0Análisis de t que la naturaleza redundante (repetitiva) de eucariotas genomas fue descubierto.[7] Sin embargo, no fue hasta el avance experimentos de cinética de reasociación de DNA de Britten y sus colegas que se ha demostrado que no todo ADN codificado por genes. De hecho, sus experimentos demostraron que la mayoría de la DNA genomic eukaryotic se compone de elementos repetitivos, no codificante.[1]
Referencias
- ^ a b Waring M, Britten RJ (1966). "Repetición de secuencia de nucleótidos: una fracción de ADN del ratón rápidamente reassociating". Ciencia 154 (3750): 791 – 4. doi:10.1126/Science.154.3750.791. PMID5919450.
- ^ a b Peterson DG, SR Wessler, Paterson AH (2002). "Captura eficiente de secuencias únicas de genomas eukaryotic". Tendencias Genet. 18 (11): 547 – 50. doi:10.1016/S0168-9525 (02) 02764-6. PMID12414178.
- ^ LLamoureux D, Peterson DG, Li W, Fellers JP, Gill BS (2005). "La eficacia del enriquecimiento de gen Cot-basado en trigo (Triticum aestivum L.)". Genoma 48 (6): 1120 – 6. doi:10.1139/g05-080. PMID16391681.
- ^ Yuan Y, SanMiguel PJ, Bennetzen JL (2003). "Cuna de alto análisis de la secuencia del genoma del maíz". Planta J. 34 (2): 249 – 55. doi:10.1046/j.1365-313X.2003.01716.x. PMID12694599.
- ^ Davidson EH, Britten RJ (1973) organización, transcripción y regulación del genoma animal. Cuarto de galón. Reverendo Biol 48:565-613.
- ^ Britten RJ, DE Graham, Neufeld BR (1974). "Análisis de repetir secuencias de ADN por reasociación". Meth. Enzymol:. Métodos en enzimología 29 (0): 363 – 418. doi:10.1016/0076-6879 (74) 29033-5. ISBN978-0-12-181892-0. PMID4850571.
- ^ Britten RJ, DE Kohne (1968). "Secuencias repetidas en el ADN". Ciencia 161 (841): 529 – 540. doi:10.1126/Science.161.3841.529. PMID4874239.
Enlaces externos
- Análisis de la cuna: Un resumen Laboratorio de exploración de genoma de Mississippi