Protomap (Proteómica)

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Este artículo está sobre proteómica. Para la hipótesis de la Protomap (Neurociencia), ver Protomap (Neurociencia).

PROTOMAP es una recientemente desarrollada proteómicos tecnología para la identificación de los cambios en las proteínas que se manifiestan en migración alterada por unidimensional SDS-PAGE. Es similar, conceptualmente, a electroforesis en gel bidimensional y electroforesis en gel de diferencia en que permite identificación global de proteínas que sufren alteraciones electroforético resultantes, por ejemplo, la migración proteólisis o modificación post-translacional. Sin embargo, es único en que todas las proteínas están ordenadas mediante espectrometría de masas que proporciona información sobre la cobertura de secuencia detectada en cada isoforma de cada proteína facilitando la interpretación de los eventos proteolíticos. [1]

PROTOMAP se realiza en la solución de control y las muestras experimentales en carriles separados de una 1D SDS-PAGE gel. Cada carril se corta en bandas uniformemente espaciadas (generalmente bandas de 15-30) y las proteínas en estas bandas son secuenciadas utilizando proteomics de la escopeta. Información de la secuencia de todas estas bandas son bioinformatically integrado en un formato visual que se llama un peptograph que parcelas migración de gel en la dimensión vertical (high - de bajo peso molecular, de arriba hacia abajo) y la cobertura de la secuencia en la dimensión horizontal (izquierda a derecha, N - al c-terminal). Un peptograph se genera para cada proteína de la muestra (miles de peptographs se generan a partir de un solo experimento) y este formato de datos permite la identificación rápida de las proteínas que experimenta clivaje proteolítico por evidentes cambios en la migración de gel que son acompañados por topografía modificada.

PROTOMAP soportes para Topografía de proteína y la plataforma de análisis de la migración fue inventado y desarrollado por Ben Cravatt y sus colegas en El Instituto de investigación Scripps.[2]

Véase también

  • Dos dimensiones SDS-PAGE
  • Electroforesis en gel de diferencia
  • Proteómica
  • Proteomics de la escopeta
  • Espectrometría de masas
  • Proteasa
  • Benjamin Cravatt

Referencias

  1. ^ Johnson CE, Kornbluth S (septiembre de 2008). "Caspasa escote no es para todos". Célula 134 (5): 720 – 1. doi:10.1016/j.Cell.2008.08.019. PMID18775303.
  2. ^ Dix MM, GM Simon, Cravatt BF (agosto de 2008). "Cartografía global de la topografía y la magnitud de los eventos proteolíticos en apoptosis". Célula 134 (4): 679 – 91. doi:10.1016/j.Cell.2008.06.038. PMC2597167. PMID18724940.

Enlaces externos

  • El sitio web PROTOMAP -proporciona acceso a disposición del público datos PROTOMAP como software y protocolos para ejecutar experimentos PROTOMAP.
  • PROTOMAP Descripción -en el sitio web Cravatt Lab

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