SHIFTCOR

Ir a: navegación, búsqueda de
SHIFTCOR
Contenido
Descripción Para volver a referencia de proteína cambio químico
Tipos de datos capturados Entrada de datos:: Asignaciones de cambio química en BMRB o formato inestable y una estructura 3D de la proteína correspondiente (formato PDB); Salida de datos:: Asignaciones de cambio químico referencia corregida
Contacto
Centro de investigación Universidad de Alberta
Laboratorio El Dr. David Wishart
Citación primaria [1]
Acceso
Sitio web https://shiftcor.wishartlab.com/
Herramientas
Misceláneo
Política de conservación Comisariado manualmente (última actualización: 2003)

SHIFTCOR (Corrección de turno) es un servidor web disponible gratuitamente, así como un programa de ordenador independiente para proteína cambio química vuelve a hacer referencia a.[1] Cambio químico referencia es un problema particularmente extendido en biomolecular OMs con un 25% de las existentes RMN cambio químico asignaciones que indebidamente se hace referencia.[1] Algunos de estos problemas hacen referencia a pueden conducir a errores sistemáticos de entre 1.0 a 2.5 ppm (especialmente en los desplazamientos químicos de 13C y 15N). Errores de esta magnitud pueden desempeñar estragos con cualquier intento de comparar las asignaciones entre las proteínas o estructuralmente interpretar desplazamientos químicos. Identificar qué proteínas son incorrectamente asignadas o incorrectamente referenciadas puede ser un desafío, como puede corregir los errores una vez que se encuentran. El programa SHIFTCOR fue diseñado para ayudar a identificar y arreglar estos cambio químico hace referencia a los problemas. Específicamente se compara, identifica, corrige y volver a referencias 1 H, 13C y 15N columna vertebral desplazamientos químicos de péptidos y proteínas comparando lo observado desplazamientos químicos con la prevista desplazamientos químicos derivado de la estructura 3D (usando PDB coordenadas) de la proteína de interés [1][1]. la predicha desplazamientos químicos se calculan utilizando el ShiftX programa.[2] Originalmente se utilizó el programa SHIFTCOR para construir una base de datos de asignaciones de proteína correctamente re referencia cambio químico llamado RefDB.[1] RefDB es una base de datos accesible desde la web de más de 2000 trabajos de cambio químico proteína correctamente referenciadas. Mientras que originalmente disponible como programa independiente solamente, SHIFTCOR ya ha sido liberado para uso general como un servidor web.

Véase también

  • Cambio químico
  • RMN
  • Proteína
  • Base de datos de estructura proteína
  • Proteína cambio química vuelve a hacer referencia a
  • Estructura secundaria de proteínas
  • Predicción de cambio química de proteínas
  • Índice de cambio químico
  • Proteína NMR

Referencias

  1. ^ a b c d e Zhang, H; Neal, S. y Wishart, D.S. (2003). "RefDB: una base de datos de química uniformemente referenciada proteína cambia.". J Biomol. RMN 25 (3): 173-195. Doi:10.1023 / A:1022836027055. PMID12652131.
  2. ^ Neal, S; NIP, A.; Zhang, H.; Wishart, D.S. (2003). "Cálculo rápido y preciso de la proteína 1H, 13C y 15N desplazamientos químicos.". J Biomol. RMN 26:: 215-240. Doi:10.1023 / A:1023812930288. PMID12766419.

Enlaces externos

  • ShiftX
  • RefDB

Otras Páginas

Obtenido de"https://en.copro.org/w/index.php?title=SHIFTCOR&oldid=620846552"