Análisis de espaciador intergénico ribosomal
ARN ribosómico (rRNA) Análisis del espaciador intergénico (RISA) es un método de comunidad microbiana impactos de análisis que proporciona un medio de comparar los diferentes ambientes o tratamiento sin el sesgo impuesto por enfoques dependen de la cultura. Este tipo de análisis se refiere a menudo como Comunidad toma de huellas dactilares. Consiste en RISA POLIMERIZACIÓN EN CADENA amplificación de una región de la rRNA operón de genes entre los pequeños)16S) y grande ()23S) subunidades llamados el región del espaciador intergénico ISR.
Mediante el uso de cartillas del oligonucleótido dirigido a regiones conservadas de los genes 16S y 23S, fragmentos RISA pueden ser generadas de la mayoría de las dominantes bacterias en una muestra ambiental. Mientras que la mayoría de la operón rRNA cumple una función estructural, porciones de la región intergénica 16S-23S pueden codificar tRNAs dependiendo de la especie bacteriana. Sin embargo el valor taxonómico de la ISR radica en la heterogeneidad significativa en la longitud y nucleótidos de la secuencia. En RISA, nosotros intentamos explotar la heterogeneidad de la longitud de la ISR, que se ha demostrado que oscilan entre 150 y 1500 bp con la mayoría de las longitudes del ISR entre 150 y 500 bp.
El producto resultante de la PCR será una mezcla de fragmentos aportados por varios miembros de la comunidad dominante. Este producto es electrophoresed en un gel de poliacrilamida, y el ADN es visualizado manchas siguientes. El resultado es un patrón complejo de bandas que proporciona un perfil específico de la comunidad, con cada banda de ADN correspondiente a una población bacteriana en el conjunto original.
Referencias
- Borneman, J. y E.W. Triplett. 1997. molecular diversidad microbiana en los suelos de la Amazonia Oriental: evidencia de microorganismos inusuales y cambios de la población microbiana asociados con la deforestación. Environ LIQ. Latinoamericana de investigación pediátrica. 63:2647-2653.
- Sigler, W.V. y J. Zeyer. 2002. microbiana diversidad y actividad a lo largo de la forefields de dos glaciares retroceden Microb. Ecol. 43:397-407.
- Sigler, W.V., S. Crivii y J. Zeyer. 2002. sucesión bacteriana en suelos de área glacial caracterizado por la estructura de la comunidad, la actividad y la dinámica de crecimiento oportunista. Microb. Ecol. 44:306-316.